Archeologi e storici dell'arte, in occasione dei restauri, hanno condotto delle ricerche tra carte d'archivio nel tentativo di ricostruire il percorso delle opere restaurate esposte: le storie emerse, in molti casi, sono state sorprendenti. Storie di collezionismo, come quella che riguarda un inventario milanese del 1616 nel quale è indicata, tra i pezzi della raccolta dei marchesi Mazenta, la presenza di una piccola tela che ora il restauro attribuisce a Tiziano, una "Madonna col Bambino" proveniente dalle Gallerie dell'Accademia di Venezia che venne stimata nel 1628 da Giovanni Battista Crespi, detto il Cerano, in uno dei suoi periodi pittorici più devoti, dolci e intimi: questo particolare dimostra come il pittore lombardo ebbe modo di osservare il tardo dipinto di Tiziano e, magari, ispirarsi a esso. Ma c'è un'altra storia su Tiziano e riguarda un'altra sua opera presente a Milano: l' "Adorazione dei Magi" (anche questa in mostra).

L'opera fu commissionata dal Cardinale Ippolito d'Este al pittore per farne dono a Enrico II, re di Francia, dono mai consegnato poiché il re morì improvvisamente in un torneo il 10 luglio del 1559. Il quadro restò in Italia, passando da Carlo Borromeo a suo nipote Federico. La curiosità che riguarda l' "Adorazione dei Magi", riguarda uno sfrontato cagnolino con la gamba alzata, eliminato dal dipinto perché ritenuto sconveniente, restituito al suo padrone solo ora, grazie ai restauri. Già Federico Borromeo ricordava il cagnolino come un prodigio di pittura irrimediabilmente perduto, nascosto per volere di un "austero e fanatico uomo della corte del Cardinale Ippolito", come ricorda Cardinal Federigo nel suo "De Pictura Sacra" del 1624; il cagnolino, di cui si era immaginata l'esistenza a causa della sua presenza nelle altre tre versioni esistenti dell'opera, è stata confermata dalle indagini riflettografiche, condotte in occasione di questa XIII edizione della mostra, le stesse indagini che hanno offerto anche la prova delle modifiche apportate dall'autore, probabilmente per venire incontro ai desideri di una committenza diversa.

Altre storie restano, invece, avvolte nel mistero, come quelle che riguardano la "cattedra" attribuita all'Evangelista appartenente al Tesoro di San Marco: si tratta della "cattedra" che il patriarca di Grado ricevette in dono dall'imperatore Eraclio nel 628, o di quella giunta dall'Egitto con le reliquie marciane? Si trattava davvero di un sedile o, invece, serviva per riporvi il Vangelo o una reliquia della Croce? Altre sono storie di "economia", come quella che riguarda la "Santa Giustina de Boromeis", opera di Giovanni Bellini che, probabilmente, coincide con l'opera inviata alla Chiesa di San Pietro in Gessate, a Milano, nel 1475 e pagata tredici ducati, come riferisce un documento rinvenuto in occasione del restauro.